Από το 2012 λειτουργεί  το πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών «Μηχανικών Πληροφορικής-«Informatics Engineering» που ιδρύθηκε με την υπουργική απόφαση 42038/Ε5 ΦΕΚ 1282/11-4-2012. Και τροποποιήθηκε με το ΦΕΚ 3020/Β/28-11-2013. Ο τίτλος του μεταπτυχιακού συνέπιπτε με τον  τίτλο του τμήματος που ήταν τότε Τμήμα Εφαρμοσμένης Πληροφορικής και Πολυμέσων και μετονομάστηκε σε τμήμα Μηχανικών Πληροφορικής ΤΕ σε εφαρμογή του Ν.4142/2013 άρθρο 7, παρ.4 και τις διατάξεις του Π.Δ. 104/2013 (Φ.Ε.Κ. 137/5-6-2013).  Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα από την ιδρυτική του υπουργική απόφαση ήταν δίγλωσσο δηλαδή η διδασκαλία και οι εργασίες γίνονται στα Αγγλικά ή τα Ελληνικά, κάτι το οποίο τηρείται συνεχώς από τότε και η γλώσσα διδασκαλίας εξαρτάται από τη σύνθεση του ακροατηρίου. Το μεταπτυχιακό δέχεται κάθε εξάμηνο ένα ικανό αριθμό (συνήθως περισσότεροι από 4) μεταπτυχιακών φοιτητών του εξωτερικού μέσω Ευρωπαϊκών προγραμμάτων που παρακολουθούν μεταπτυχιακά μαθήματα μαζί με τους άλλους εγγεγραμμένους φοιτητές. Επίσης με βάση συμφωνία το μεταπτυχιακό πρόγραμμα συμμετέχει στο MASTERS DOUBLE DEGREE IN COMPUTER VISION AND ROBOTICS που προσφέρουν τα ιδρύματα UNIVERSITE DE BOURGOGNE και του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου δια του Τμήματος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών.   

Η Σύγκλητος του Ελληνικού <Μεσογειακού Πανεπιστημίου με την απόφαση Αριθμ. 1486/Φ20 (7)  στη συνεδρίαση 6/27-06-2019 με τίτλο «Επανίδρυση του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Μηχανικών Πληροφορικής – Informatics Engineering» του Τμήματος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών της Σχολής Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.» (ΦΕΚ 3381 ΤΕΥΧΟΣ Β 27-8-2019) επανίδρυσε το μεταπτυχιακό πρόγραμμα υπό το τμήμα ΗΜΜΥ ΕΛΜΕΠΑ.

Ο χρόνος φοίτησης για την απόκτηση του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) είναι τρία (3) ακαδημαϊκά εξάμηνα και αντιστοιχούν σε 90 ECTS μονάδες. Δεκτοί στο πρόγραμμα γίνονται πτυχιούχοι Τμημάτων Πληροφορικής, Τμημάτων Μηχανικών Ηλεκτρονικών Υπολογιστών, Ηλεκτρολόγων και Ηλεκτρονικών Μηχανικών ή αντίστοιχων και ισότιμων τμημάτων της ημεδαπής και των ομοταγών αναγνωρισμένων ιδρυμάτων της αλλοδαπής. Μπορούν να γίνουν δεκτοί και πτυχιούχοι άλλων Τριτοβάθμιων Σχολών της αλλοδαπής ή της ημεδαπής που δεν ανήκουν στην παραπάνω κατηγορία σε ποσοστό 20%.
Για την απονομή του Διπλώματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Μ.Σ.) «Μηχανικού Πληροφορικής», ο μεταπτυχιακός φοιτητής πρέπει να παρακολουθήσει και να εξεταστεί επιτυχώς σε οκτώ (8) συνολικά μαθήματα (τέσσερα σε καθένα από τα πρώτα δύο εξάμηνα), καθώς επίσης να συγγράψει και να εξεταστεί δημοσίως, από τριμελή επιτροπή διδασκόντων στην Μεταπτυχιακή του Εργασία. Στο Π.Μ.Σ. προσφέρονται τρείς κατευθύνσεις για την απόκτηση του μεταπτυχιακού τίτλου «Μηχανικού Πληροφορικής» με κατεύθυνση α) Δίκτυα και Πολυμέσα, β) Τεχνολογία Λογισμικού & Εφαρμογές και γ) Έξυπνα Συστήματα & Αρχιτεκτονική υπολογιστών.  ΕΔΩ